La sonda ha un diametro di circa 1 centimetro, e una lunghezza di circa 1 metro, ma le sue dimensioni non sono direttamente collegate al fastidio. Il disagio può essere percepito solo all'inizio dell'esame, durante l'insermento della sonda, e durante l'esplorazione quando viene introdotto il gas per dilatare meglio l'intestino e migliorare la visione. Un'adeguata sedazione è in grado di ridurre al minimo o addirittura azzerare queste sensazioni.