La sonda ha un diametro di circa 1 centimetro, e una lunghezza di circa 1 metro, ma le sue dimensioni non sono direttamente collegate al fastidio. Il disagio può essere percepito solo all'inizio dell'esame, durante l'inserimento della sonda e solo raramente durante l'esplorazione per manovre particolari. La sedazione, unita a un'efficace anestesia locale del cavo orale, sono comunque in grado di ridurre al minimo o addirittura azzerare queste sensazioni.